اصلاح پر در پرندگان با هر هدفی که صورت پذیرد، معایب و محاسن خاص خود را دارد. با این وجود به جهت آسیب های جبران ناپذیری که پرواز پرندگان در محیط اسارت می تواند ایجاد کند، در اولویت طب پیشگیری قرار می گیرد. از جمله این آسیب ها می توان به برخورد پرنده با نقاط مختلف، افتادن پرنده در آب جوش، گیر کردن پرنده بین درب ها و غیره اشاره کرد.

هدف گذاری برای اصلاح پر، پیش از انجام آن بایستی روشن باشد. به همین ترتیب اصلاح پر در پرندگان بزرگ جثه نسبت به پرندگان کوچک جثه متفاوت خواهد بود. همچنین هدف گذاری اصلاح پر در پرندگان در باغ پرندگان با پرندگانی که در آینده با هدف رهاسازی در طبیعت در مراکز بازتوانی نگهداری می شوند و یا با پرندگانی که عنوان حیوان همراه در کنار انسان زندگی می کنند، متفاوت خواهد بود.

در مورد پرندگان خانگی هدف گذاری اصلاح پر بر پایه کاهش توانایی پرواز (و نه قطع کامل آن) با حفظ زیبایی ظاهری پرنده، برای جلوگیری از آسیب دیدن پرنده در محیط پر خطر خانه صورت می پذیرد. به همین منظور چیدن پرها نباید به گونه ای انجام شود که توانایی کامل پرنده برای پرواز از بین برود.

همچنین چیدن بیش از حد پرها، باعث آسیب های ضربه ای در اندام های حرکتی و حتی قفسه سینه پرنده می گردد. پیش از اقدام به چیدن پرها تاریخچه ای از مشکلات رفتاری، وضعیت بدنی پرنده، وضعیت تولک روی در پرنده و به طور کلی اطمینان از وضعیت سلامت پرنده در تصمیم گیری  تاثیرگذار خواهند بود. به همین جهت توصیه اکید می گردد که اصلاح پر حداقل تحت نظر پزشک متخصص صورت پذیرد.